Ówczesny rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego Tadeusz Lehr-Spławiński na żądanie sturmbannfuehrera SS Bruno Muellera zaprosił profesorów na godz. 12 do sali wykładowej nr 66 im. Mikołaja Kopernika w Collegium Novum (dziś sala nr 56 im. Józefa Szujskiego). Uczeni mieli tu wysłuchać wykładu dowódcy SS o stosunku III Rzeszy i narodowego socjalizmu do zagadnień nauki i szkolnictwa wyższego.
Jak piszą Antoni Jackowski i Izabela Sołjan w artykule "Sonderaktion Krakau", zamieszczonym w czasopiśmie UJ "Alma Mater", "rektor zapewne wierzył, że wykład Muellera oznacza ostateczną zgodę władz okupacyjnych na otwarcie uczelni, zaapelował więc o liczny udział pracowników w tym spotkaniu. Apel poskutkował i w sali zgromadzili się prawie wszyscy profesorowie Uniwersytetu, wielu innych pracowników, również z Akademii Górniczej i Akademii Handlowej".
Zamiast zapowiedzianej prelekcji w Collegium Novum uczeni usłyszeli "Moi panowie, zwołałem was, aby wam powiedzieć, że uniwersytet krakowski był zawsze ogniskiem antyniemieckich nastrojów, w tym duchu nie życzliwym wychowywał młodzież [...]. Dlatego zostaniecie aresztowani i posłani do obozu". (Andrzej Chwalba "Kraków w latach 1939-1945").
Budynek Collegium Novum jeszcze przed wykładem otoczyło SS. Zebranych profesorów - podają Jackowski i Sołjan - brutalnie, często przy użyciu przemocy fizycznej, załadowano do "bud" policyjnych. W sumie hitlerowcy aresztowali 183 profesorów i wykładowców krakowskich uczelni, 155 z Uniwersytetu Jagiellońskiego, 22 z Akademii Górniczej oraz trzech z Akademii Handlowej. "Do obozu wywieziono prawie całe grono profesorów, docentów i asystentów Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz Akademii Górniczej" - piszą autorzy artykułu w "Alma Mater".
Aresztowani najpierw trafili do więzienia na Montelupich, potem do koszar 20. pułku piechoty przy ul. Mazowieckiej, a później do więzienia we Wrocławiu. W między czasie, w wyniku akcji Polskiego Czerwonego Krzyża, zwolniono kilkunastu aresztowanych, m.in. prawnika Fryderyka Zolla i profesorów ukraińskich. 27 listopada więźniów przewieziono do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen niedaleko Berlina.
W czasie aresztu w Krakowie kierownik Głównego Wydziału Ludności i Opieki Społecznej rządu Generalnego Gubernatorstwa, dr Fritz Arlt, proponował trzem uczonym - Kazimierzowi Stołyhwie (antropolog), Jerzemu Smoleńskiemu (geograf) i Kazimierzowi Dobrowolskiemu (socjolog, etnolog) - zwolnienie w zamian za podpisanie deklaracji o nieprowadzeniu działalności politycznej i prawdopodobnie wyrażenie zgody na podjęcie pracy na rzecz Niemców. Wszyscy profesorowie odmówili.
Celem Sonderaktion Krakau było zniszczenie polskiej inteligencji i szkolnictwa. 6 listopada 1939 r. stał się - zdaniem historyka, prof. Andrzeja Chwalby - datą graniczną i symboliczną. "Aresztowanie było precedensem i, jak się okazało, początkiem ciernistej drogi polskiej inteligencji i środowisk twórczych w okresie okupacji, a nie - jak wielu sądziło - odosobnionym przypadkiem. Wydano wówczas wyrok nie tylko na uniwersytet, ale i na całe polskie szkolnictwo stopnia wyższego i średniego" - zauważa profesor.
Jak napisano w "Alma Mater", wobec akcji przeprowadzonej w Krakowie nie pozostało obojętne środowisko międzynarodowe. Sonderaktion Krakau była tematem prasy na całym świecie. Intelektualności i naukowcy z krajów neutralnych, m.in. z USA, Szwecji, Szwajcarii, Hiszpanii, Jugosławii nie zgadzali się z akcją Niemców. Protestowali także niemieccy alianci - Węgrzy i Włosi. Interweniował sam Benito Mussolini oraz Watykan - papież Pius XII otrzymał listę uwięzionych. Z akcją nazistów nie zgadzali się także niemieccy uczeni, przede wszystkim slawiści.
Wskutek międzynarodowego poruszenia Niemcy zwolnili część więźniów z obozu w Sachsenhausen. Był to jedyny - piszą Jackowski i Sołjan, powołując się na opracowania historyczne - taki przypadek w dziejach niemieckich obozów koncentracyjnych. 8 lutego 1940 roku obóz opuściło 102 więźniów, którzy ukończyli 40. rok życia. Przed zwolnieniem musieli się pisemnie zrzec wykonywania w przyszłości swoich zawodów. Pozostałych profesorów naziści przewieźli do innych obozów, m.in. do Dachau (4 marca 1940) i później częściowo zwalniali.
