Ambasador RP w Moskwie Tadeusz Romer, wezwany przez ministra spraw zagranicznych ZSRS Wiaczesława Mołotowa, usłyszał, że rząd RP "stoczył się na drogę zmowy z rządem hitlerowskim, przerwał faktycznie sojusznicze stosunki z ZSRS oraz stanął na stanowisku stosunków wrogich wobec Związku Sowieckiego".
Informację o odkryciu w Katyniu zbiorowych mogił polskich oficerów podało 11 kwietnia 1943 r. radio niemieckie. Dwa dni później w Berlinie w siedzibie Ministerstwa Spraw Zagranicznych odbyła się konferencja prasowa poświęcona grobom odnalezionym przez Niemców.
15 kwietnia 1943 r. Sowieckie Biuro Informacyjne ogłosiło w odpowiedzi, że polscy jeńcy byli zatrudnieni na robotach budowlanych na zachód od Smoleńska i "wpadli w ręce niemieckich katów faszystowskich w lecie 1941 r., po wycofaniu się wojsk radzieckich z rejonu Smoleńska".
Tego samego dnia rząd polski na uchodźstwie polecił swojemu przedstawicielowi w Szwajcarii zwrócić się do Międzynarodowego Komitetu Czerwonego Krzyża z prośbą o powołanie komisji do zbadania odkrytych grobów. 17 kwietnia 1943 r. strona polska złożyła w tej sprawie oficjalną notę w Genewie, dowiadując się jednocześnie, iż wcześniej również Niemcy zwrócili się do MKCK o wszczęcie dochodzenia.
Działania władz niemieckich zmierzające do sprowokowania konfliktu pomiędzy aliantami miały wywołać wrażenie, że postępowanie Berlina i polskiego rządu są ze sobą koordynowane. Joseph Goebbels zanotował w swoim dzienniku: "Sprawa Katynia przeradza się w gigantyczną polityczną aferę, która może mieć szerokie reperkusje. Wykorzystujemy ją wszelkimi możliwymi sposobami".
Moskwa bardzo ostro zareagowała na propozycję dochodzenia prowadzonego przez MKCK. 19 kwietnia 1943 r. sowiecki dziennik "Prawda" opublikował artykuł zatytułowany "Polscy pomocnicy Hitlera". Przeczytać w nim można było m.in.: "Zanim wysechł atrament na piórach niemiecko-faszystowskich pismaków, ohydne wymysły Goebbelsa i spółki na temat rzekomego masowego mordu na polskich oficerach dokonanego przez władze sowieckie w 1940 r. zostały podchwycone nie tylko przez wiernych hitlerowskich służalców, ale co dziwniejsze, przez ministerialne kręgi rządu generała Sikorskiego".
Ujawnienie zbrodni przez Niemców posłużyło Sowietom za pretekst do zerwania stosunków dyplomatycznych z rządem polskim w Londynie. Był to pierwszy krok sowieckiego dyktatora w kierunku stworzenia własnej marionetkowej ekipy do rządzenia Polską.
21 kwietnia 1943 r. Stalin wysłał tajne i jednobrzmiące depesze do prezydenta Roosevelta i premiera Churchilla, w których zarzucał rządowi gen. Sikorskiego prowadzenie w zmowie z Hitlerem wrogiej kampanii przeciwko Związkowi Sowieckiemu.
W nocy z 25 na 26 kwietnia 1943 r. minister spraw zagranicznych ZSRS Wiaczesław Mołotow wezwał ambasadora RP w Moskwie Tadeusza Romera i przedstawił mu notę władz sowieckich, oskarżającą polski rząd odnosnie sprawy Katynia o próbę wykorzystania "hitlerowskiego oszczerczego fałszu w celu uzyskania od Związku Sowieckiego terytorialnych koncesji kosztem interesó Sowieckiej Ukrainy, Sowieckiej Białorusi i Sowieckiej Litwy".
Mołotow oświadczył również, że w związku z tym, iż rząd RP "stoczył się na drogę zmowy z rządem hitlerowskim, przerwał faktycznie sojusznicze stosunki z ZSRS oraz stanął na stanowisku stosunków wrogich wobec Związku Sowieckiego", rząd ZSRS postanowił zawiesić stosunki z rządem polskim.
5 maja 1943 r. personel ambasady polskiej opuścił Moskwę.
Formalne zawieszenie, a właściwie zerwanie stosunków dyplomatycznych przez Stalina z rządem RP nastąpiło niecałe dwa lata po nawiązaniu polsko-sowieckich relacji na mocy układu Sikorski-Majski z 30 lipca 1941 r. Układu ten wznawiał stosunki dyplomatyczne pomiędzy władzami RP i ZSRS po napaści Armii Czerwonej na Polskę dokonanej 17 września 1939 r.
***
W wyniku sowieckiej agresji na Polskę we wrześniu 1939 r. w niewoli sowieckiej znalazło się 240-250 tys. polskich jeńców, w tym ponad 10 tys. oficerów.
Szef NKWD Ławrientij Beria już 19 września 1939 r. powołał Zarząd do Spraw Jeńców Wojennych i Internowanych przy NKWD oraz nakazał utworzenie sieci obozów. Na początku października 1939 r. zaczęto zwalniać część jeńców-szeregowców. W tym samym czasie podjęto decyzję o utworzeniu obozów oficerskich w Starobielsku i Kozielsku oraz obozu w Ostaszkowie, przeznaczonego dla funkcjonariuszy policji, KOP i więziennictwa.
Decyzję o zamordowaniu polskich jeńców wojennych podjęło 5 marca 1940 r. Biuro Polityczne KC WKP(b) po otrzymaniu pisma, które ludowy komisarz spraw wewnętrznych Ławrientij Beria skierował do Stalina. Szef NKWD, pisząc w nim, że wszyscy wymienieni Polacy "są zatwardziałymi, nierokującymi poprawy wrogami władzy sowieckiej", wnioskował o rozpatrzenie ich spraw w trybie specjalnym, "z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelanie". Zaznaczył, że sprawy należy rozpatrzyć bez wzywania aresztowanych i bez przedstawiania zarzutów, decyzji o zakończeniu śledztwa i aktu oskarżenia.
Po trwających miesiąc przygotowaniach, 3 kwietnia 1940 r. rozpoczęto likwidację obozu w Kozielsku, a dwa dni później obozów w Starobielsku i Ostaszkowie. Przez następnych sześć tygodni Polacy wywożeni byli z obozów grupami do miejsc kaźni.
Z Kozielska 4404 osoby przewieziono do Katynia i zamordowano strzałami w tył głowy. 3896 jeńców ze Starobielska zabito w pomieszczeniach NKWD w Charkowie, a ich ciała pogrzebano na przedmieściach miasta w Piatichatkach. 6287 osób z Ostaszkowa rozstrzelano w gmachu NKWD w Kalininie, obecnie Twer, a pochowano w pobliskiej miejscowości Miednoje. Łącznie zamordowano 14 587 osób.
Na mocy decyzji z 5 marca 1940 r. zamordowano również ok. 7300 Polaków przebywających w różnych więzieniach na terenach włączonych do Związku Sowieckiego: na Ukrainie rozstrzelano 3405 osób (ich groby prawdopodobnie znajdują się w Bykowni pod Kijowem), a na Białorusi 3880 (pochowanych prawdopodobnie w Kuropatach pod Mińskiem). Większość z nich stanowili aresztowani działacze konspiracyjnych organizacji, oficerowie nie zmobilizowani we wrześniu 1939 r., urzędnicy państwowi i samorządowi oraz "element społecznie niebezpieczny" z punktu widzenia władz sowieckich.
Związek Sowiecki przyznał się do mordu katyńskiego dopiero po 50 latach od jego popełnienia - 13 kwietnia 1990 r. W komunikacie rządowej agencji TASS oficjalnie potwierdzono wówczas, że polscy jeńcy wojenni zostali rozstrzelani wiosną 1940 r. przez NKWD.
14 października 1992 r. Rosja przekazała Polsce część archiwaliów obarczających odpowiedzialnością za zbrodnię katyńską przywódców ZSRS z Józefem Stalinem na czele. Wśród dokumentów był rozkaz z 5 marca 1940 r., który przesądził o tragicznym losie ponad 20 tys. Polaków.
