Pod koniec września 1939 r., kiedy część polskich oddziałów wciąż jeszcze toczyła walki z wojskami niemieckimi i sowieckimi, w Moskwie zawarty został układ "O granicach i przyjaźni" pomiędzy ZSRS i III Rzeszą, któremu towarzyszyły poufny protokół oraz dwa tajne protokoły dodatkowe. 28 września 1939 r. podpisali go, podobnie jak układ z 23 sierpnia 1939 r., minister spraw zagranicznych III Rzeszy Joachim von Ribbentrop oraz ludowy komisarz spraw zagranicznych ZSRS Wiaczesław Mołotow, pełniący jednocześnie funkcję przewodniczącego Rady Komisarzy Ludowych (premiera).
We wstępie do zawartego układu stwierdzano: "Rząd Rzeszy Niemieckiej i rząd ZSRS uznają, po upadku dotychczasowego państwa polskiego, za wyłącznie swoje zadanie przywrócenie na tym terenie pokoju i porządku oraz zapewnienie żyjącym tam narodom spokojnej egzystencji, zgodnej z ich narodowymi odrębnościami". Art. IV tego dokumentu głosił: "Rząd ZSRS i rząd Rzeszy Niemieckiej uważają układ niniejszy za mocną podstawę postępowego rozwoju przyjaznych stosunków pomiędzy swymi narodami".
Zgodnie z propozycją Stalina, podpisano tajny protokół dodatkowy wprowadzający korektę do podziału terytorialnego ziem polskich. Ustalona granica pomiędzy ZSRS a III Rzeszą przebiegać miała odtąd wzdłuż linii rzek San-Bug-Narew-Pisa. Zdaniem prof. Andrzeja Paczkowskiego, "Stalin proponując nowelizację tajnej klauzuli układu z 23 sierpnia i +oddając+ Niemcom ziemie polskie aż do linii Bugu (zamiast Wisły) - w zamian za przesunięcie do +radzieckiej strefy wpływów+ Litwy - miał niewątpliwie na celu pozbycie się terytoriów o przygniatającej przewadze ludności polskiej, a tym samym poważnego problemu politycznego". (A. Paczkowski "Pół wieku dziejów Polski 1939-1989")
W drugim tajnym protokole przedstawiciele obu totalitarnych mocarstw zobowiązali się, że "nie będą na swoich terenach tolerować żadnej polskiej agitacji, która przenikałaby na terytorium drugiej strony. Wszelkie próby takiej agitacji na ich terenach będą likwidowane, a obie strony będą się informowały wzajemnie o podejmowanych w tych celach środkach". Dokument ten stanowił podstawę do ścisłej współpracy Gestapo i NKWD w zwalczaniu polskiego ruchu oporu.
W podpisanym protokole poufnym ustalono: "Rząd ZSRS nie będzie stwarzał żadnych przeszkód obywatelom Rzeszy i innym osobom pochodzenia niemieckiego, osiadłym na terenach jego strefy interesów, w przesiedlaniu się do Niemiec lub na tereny niemieckich stref interesów, o ile tylko wyrażą one takie życzenie. Rząd zgadza się, aby przesiedlenia takie były przeprowadzane przez pełnomocników rządu Rzeszy w porozumieniu z odpowiednimi władzami lokalnymi oraz aby zagwarantowane zostały wszelkie prawa majątkowe przesiedleńców. Analogiczne zobowiązanie bierze na siebie rząd Rzeszy Niemieckiej w odniesieniu do osób pochodzenia ukraińskiego czy białoruskiego osiadłych na terenach jego stref interesów".
Ostatecznie w wyniku dokonanego rozbioru Polski Niemcy zajęły obszar ok. 186 tys. km kw., zamieszkany przez ok. 22 mln osób. 8 października 1939 r. na mocy dekretu Adolfa Hitlera do Rzeszy wcielone zostały województwa: pomorskie, poznańskie, śląskie, większa część łódzkiego, zachodnia część krakowskiego, część warszawskiego i część kieleckiego. W sumie 92 tys. km kw., na których mieszkało ponad 9 mln osób. Wymienione obszary zostały włączone do istniejących prowincji niemieckich oraz do dwóch nowych okręgów: Wartheland (Kraj Warty) oraz Gdańsk-Prusy Zachodnie.
Z pozostałych zagarniętych przez Niemcy ziem polskich dekretem Hitlera z 12 października 1939 r. utworzono "Generalne Gubernatorstwo dla okupowanych ziem polskich", składające się z dystryktów: krakowskiego, radomskiego, warszawskiego i lubelskiego. Związek Sowiecki uczestnicząc w rozbiorze Polski zajął obszar o powierzchni ponad 190 tys. km kw. z ludnością liczącą ok. 13 mln osób. Okrojona Wileńszczyzna została przez władze sowieckie w październiku 1939 r. uroczyście przekazana Litwie. Nie na długo jednak, bowiem już w czerwcu 1940 r. Litwa razem z Łotwą i Estonią weszła w skład ZSRS.
Na terenach polskich zagarniętych przez Związek Sowiecki, 22 października 1939 r., w atmosferze terroru i pod kontrolą NKWD, przeprowadzono "wybory" do Zgromadzenia Ludowego Zachodniej Białorusi i Zachodniej Ukrainy. Wyłonieni w ten sposób "deputowani ludowi" wystąpili do Rady Najwyższej ZSRS o włączenie Zachodniej Białorusi i Zachodniej Ukrainy do "macierzystych" republik sowieckich. Rada Najwyższa ZSRS pozytywnie rozpatrzyła te wnioski i dekretami z 1 i 2 listopada 1939 r. podjęła decyzję o przyłączeniu wspomnianych obszarów odpowiednio do Białoruskiej i Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki Sowieckiej.
Dekretem z 29 listopada 1939 r. wszystkim osobom, które w dniach 1 i 2 listopada 1939 r. mieszkały na terenach wcielonych do ZSRS, nadane zostało sowieckie obywatelstwo. 31 października 1939 r. zwracając się do delegatów obecnych na V Nadzwyczajnej Sesji Rady Najwyższej ZSRS Wiaczesław Mołotow mówił: "Od chwili zawarcia 23 sierpnia sowiecko-niemieckiego paktu o nieagresji położony został kres nienormalnym stosunkom, jakie od szeregu lat istniały pomiędzy Związkiem Sowieckim i Niemcami. Zamiast wrogości, we wszelki sposób podgrzewanej przez niektóre państwa europejskie, przyszło zbliżenie i ustalenie przyjaznych stosunków pomiędzy ZSRS i Niemcami. Dalsze polepszenie tych nowych dobrych stosunków znalazło swój wyraz w niemiecko-sowieckim traktacie o przyjaźni i granicy pomiędzy ZSRS i Niemcami, podpisanym 28 września w Moskwie".
Odnosząc się do kwestii Polski Mołotow stwierdził m.in.: "Rządzące koła Polski niemało się pyszniły +trwałością+ swego państwa i +potęgą+ swej armii. Jednakże wystarczające się okazało krótkie uderzenie w Polskę ze strony naprzód armii niemieckiej, a potem Armii Czerwonej, aby nic nie zostało z owego poczwarnego bękarta Traktatu Wersalskiego, który żył kosztem niepolskich narodowości. +Tradycyjna polityka+ bezdogmatycznego lawirowania i gry pomiędzy Niemcami i ZSRS okazała się niewypłacalną i całkowicie zbankrutowała".
Sojusz Hitlera i Stalina przetrwał niespełna dwa lata, bowiem jak pisał prof. Andrzej Garlicki: "Obaj partnerzy podpisujący pakt na Kremlu traktowali go jako rozwiązanie doraźne. Obaj mieli cele o wiele bardziej ambitne niż rozbiór Polski czy podporządkowanie republik nadbałtyckich. Były to cele sprzeczne, dlatego wojna pomiędzy III Rzeszą i Związkiem Radzieckim była nieunikniona". (A. Garlicki "Historia 1815-1939. Polska i świat").
