24 lipca 1815 r. Powstało Towarzystwo Naukowe Krakowskie
Powołana z inicjatywy dyrektora uniwersyteckiej biblioteki Jerzego Samuela Bandtkiego i ówczesnego rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego Walentego Litwińskiego instytucja miała inicjować i rozwijać działalność badawczą w Krakowie.
Początkowo Towarzystwo Naukowe Krakowskie posiadało sześć wydziałów: Teologii, Prawa, Medycyny, Matematyki, Literatury oraz Gospodarstwa, Wiadomości Technicznych i wszelkich Kunsztów. Po 1840 roku zredukowano je do czterech.
Aktywność instytucji przejawiała się w spotkaniach naukowych. Zamknięte odbywały się raz w miesiącu, publiczne natomiast trzy razy do roku. w ich trakcie odczytywano prace naukowe członków Towarzystwa, które publikowano w wydawnictwach instytucji. W latach 1817-1872 ukazywały się "Roczniki Towarzystwa Naukowego Krakowskiego z Uniwersytetem Krakowskim Połączonego".
W 1949 roku Towarzystwo utworzyło własne Muzeum Starożytności. Jednym z pierwszych eksponatów był podarowany przez Mieczysława Potockiego wydobyty z rzeki Zbrucz posąg Światowida.
Dzieje Towarzystwa Naukowego Krakowskiego były związane z burzliwą historią XIX wieku na polskich ziemiach. Choć represje po powstaniu listopadowym przyniosło ograniczenie swobód Wolnego Miasta Krakowa, a tym samym utrudniło działalność uczonych, to jednak instytucja uniknęła smutnego losu Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk, które zostało rozwiązane.
Towarzystwo kontynuowało działalność po powstaniu krakowskim w 1846 roku. dopiero represje i centralizacja władzy po Wiośnie Ludu w1848 roku doprowadziły do zawieszenia działalności. Zgodę na reaktywację uzyskano w 1856 roku, jednak pod zmieniona nazwą jako Cesarsko-Królewskie Towarzystwo Naukowe Krakowskie. Zmieniono również statut.
Nie znaczy to, że instytucja ucierpiała na tej zmianie. wręcz przeciwnie. W 1857 roku u zbiegu ulic św. Marka i Sławkowskiej w Krakowie rozpoczęto budowę siedziby Towarzystwa. Pieniądze na ten cel pochodziły ze zbiórek społecznych. Gmach ukończono w 1866 roku.
Rosnąca rola i znaczenie Towarzystwa doprowadziły do prób podwyższenia jego rangi. W 1870 roku ówczesny premier Austro-Węgier Alfred potocki przedstawił cesarzowi Franciszkowi Józefowi propozycję przekształcenia Towarzystwa w Akademię Umiejętności. 2 maja 1871 roku cesarz w liście do ministra oświaty wyraził życzenie, by w Krakowie powstała Akademia. Pierwsze posiedzenie nowej-starej instytucji, która w 1918 roku przekształciła się w Polską Akademię Nauk, odbyło się 18 lutego 1873 roku.
