8 grudnia 1981 r. Jan Paweł II ustanowił Papieską Akademię Teologiczną
Historia uczelni wywodzi się z Wydziału Teologicznego, który został erygowany na podstawie bulli Eximiae devotionis affectus papieża Bonifacego IX z 1397 roku i wymieniony został w akcie fundacyjnym Akademii Krakowskiej z 1400 roku. Przez stulecia był miejscem rozwoju myśli teologicznej i budowania postaw patriotycznych. W czasie niemieckiej okupacji podczas II wojny światowej pracownicy Wydziału prowadzili tajne nauczanie.
W PRL-u, w 1954 roku, decyzją Rady Ministrów Wydział Teologiczny został usunięty z Uniwersytetu Jagiellońskiego. W odpowiedzi Stolica Apostolska wydała dekret stwierdzający, że "Wydział Teologiczny zgodnie z jego ustanowieniem i charakterem trwa pod kierownictwem jednej władzy kościelnej i na przyszłość ma się kształtować wedle praw ustanowionych przez Stolicę Apostolską" (1959 r.).
Za sprawą biskupa metropolity krakowskiego kardynała Karola Wojtyły Wydziałowi został przyznany w 1974 roku tytuł Wydziału Papieskiego. Kardynał Wojtyła, już jako papież Jan Paweł II, wystosował 8 grudnia 1981 roku List Beata Hedvigis, na mocy którego ustanowiona została Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie, składająca się z trzech wydziałów: teologii, filozofii i historii Kościoła.
"Ustanawiamy na zawsze i erygujemy mocą tego Pisma powagą naszą Apostolską PAPIESKĄ AKADEMIĘ TEOLOGICZNĄ W KRAKOWIE, przyznając jej prawa, honory, przywileje i obowiązki, jakie w całym katolickim świecie przysługują tego rodzaju uczelniom (...)" - pisał Jan Paweł II.
W uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa, 19 czerwca 2009 roku, Ojciec Święty Benedykt XVI pragnąc uhonorować pamięć swego poprzednika Sługi Bożego Jana Pawła II podniósł Akademię do godności Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II.
Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie jest jedynym poza Rzymem i Salamanką, a pierwszym w Europie Środkowo-Wschodniej uniwersytetem papieskim.
AS
