Pacyfikacja wsi Majdan Stary była jedną z wielu zbrodni, jakich dopuścili się Niemcy i Ukraińcy podczas Aktion Zamość. Ukraińscy ochotnicy nie mieli litości dla cywili.
W ramach Aktion Zamość Niemcy planowali wysiedlić z Zamojszczyzny Polaków, a na ich miejsce osiedlić swoich kolonistów, przede wszystkim volksdeutschów. Pierwszą wieś, Skierbieszów, zaczęto wysiedlać w nocy z 27 na 28 listopada 1942 roku. Do końca roku wywieziono ok. 34 tys. Polaków. W sumie wywózki objęły nawet 110 tys. mieszkańców Zamojszczyzny.
Na ich miejsce przywieziono 9 tys. kolonistów niemieckich z Besarabii i Ukrainy oraz dalszych 4 tys. osadników z Lotaryngii i Słowenii. A także 7 tys. Ukraińców, których osiedlono w powiecie hrubieszowskim.
Polacy, którzy nie zostali wysiedleni, byli traktowani przez nowoprzybyłych jako tania siła robocza, całkowicie pozbawiona praw. Zdarzało się, że osadnicy siłą zabierali bydło czy wyposażenie gospodarstw. Czuli się przy tym całkowicie bezkarnie.
Takie działania spotkały się z oporem zarówno mieszkańców, jak i podziemia. Partyzanci, przede wszystkim Batalionów Chłopskich, ale także Armii Krajowej i Gwardii Ludowej prowadzili akcje odwetowe, atakując niemieckie linie transportowe i zasiedlone przez Niemców wsie.
W wyniku aktywności polskiej partyzantki, Niemcy tymczasowo zawiesili wysiedlenia. Postanowili, że najpierw uporają się z podziemiem.
Operacja rozpoczęła się w nocy z 23 na 24 czerwca 1943 roku. Niemcy uderzyli na wsie leżące w gminie Aleksandrów. Mężczyzn najczęściej po prostu mordowano. Kobiety i dzieci wysyłano do obozów przejściowych w Zamościu, Zwierzyńcu i Budzyniu. Tam prowadzono selekcję rasową.
Ci, którzy jej nie przeszli byli wysyłani do obozów zagłady, albo, jeśli byli zdrowi, na przymusowe roboty do III Rzeszy. Dzieci, które przeszły selekcję i zostały uznane za aryjskie były wysyłane do niemieckich rodzin, gdzie miały zostać wychowane na wzorowych Niemców. Z Zamojszczyzny do Rzeszy trafiło w ten sposób 4454 dzieci.
W ramach operacji Werwolf Niemcy i współpracujący z nimi Ukraińcy, spacyfikowali 163 wsie, mordując około tysiąca Polaków. Jedną z tych wsi był Majdan Stary.
Niemcy i ukraińscy ochotnicy z pułku policyjnego SS rozpoczęli pacyfikację wsi wczesnym rankiem 2 lipca 1943 roku.
- Koszmar rozpoczął się jeszcze przed świtem, była 4 albo 5 godzina rano, kiedy Niemcy okrążyli miejscowość - wspominała podczas rocznicowych uroczystości Julia Tyszko, wówczas 11-letnia dziewczynka.
- Szli drogą i ścieżką od pola, poza budynkami gospodarczymi. Uciekaliśmy, a strzelali za nami. Gwizdały za nami kule. Był taki bardzo wysoki płot, blisko był las, gdzie uciekliśmy. Niemcy już nie szli do lasu. Chyba bali się partyzantów. Później podpalili Majdan. W lesie ukrywaliśmy się tak z miesiąc.
Była jedną z nielicznych osób, którym udało się przeżyć. Żołnierze przeczesywali chaty i zabudowania gospodarcze. Zdrowych i silnych mężczyzn pogoniono w stronę Biłgoraja, skąd pociągiem, kursującym na wąskotorowej linii kolei zwierzyniecko-biłgorajskiej, wywożono ich do Zamościa.
Następnego dnia, 3 lipca 1943 roku, około południa do wsi weszły kolejne niemieckie i ukraińskie oddziały. Pozostałych mieszkańców spędzono na łąkę. Mężczyznom skrępowano ręce i związano razem sznurem założonym na szyje. Ustawiono ich w szeregu. W tym momencie ukraińscy żołnierze SS otworzyli ogień z karabinu maszynowego.
Następnie kobietom i dzieciom rozkazano klęknąć i również poszatkowano ich ogniem maszynowym. Ranni zostali dobici strzałem z pistoletu.
Łącznie Ukraińcy zabili 75 osób, w tym 26 kobiet oraz 16 dzieci poniżej piętnastego roku życia. Najmłodsza ofiara miała dwa miesiące. We wsi spłonęło 76 gospodarstw.
Miejscowy oddział Armii Krajowej poinformował Kwaterę Główną, pisząc, że Niemcy spalili żywcem 40 mieszkańców, a wieś zniszczyli w 75 procentach.
Zbrodnię przeżyły jedynie cztery kobiety.
