Po kapitulacji Warszawy w 1939 roku Niemcy, wykorzystując polskich pracowników Państwowego Zarządu Wodnego, zorganizowali własną administrację wodną - Wasserstrasenbau Amt. Podporządkowano jej nowoczesny Port Handlowy na prawym brzegu rzeki, Stocznię Czerniakowską, przystanie i magazyny portu rzecznego.
Podczas okupacji nadal funkcjonowały przedwojenne przedsiębiorstwa, którym jedynie zmieniono nazwy. Przekształcono również przedwojenne nazwy statków wiślanych na niemieckojęzyczne. W ten sposób np. przedwojenny "Łokietek" stał się "Faustem".
I na tym właściwie skończyła się germanizacja. Ruch pasażerski i towarowy odbywał się bez większych zmian. Na przystaniach i liniach komunikacyjnych Niemcy nie przeprowadzali większych kontroli. Rzadko też pojawiały się patrole wodne, dlatego statków wiślanych często używano do przemytu broni i żywności.
"Ostryga"
Po przegranej wojnie obronnej kmdr ppor. Antoni Gniewecki ps. "Witold" rozpoczął budowanie podziemnej organizacji zrzeszającej marynarzy, którym nie udało się przebić na Zachód. W 1940 roku powstało ugrupowanie "Alfa", podporządkowane Związkowi Walki Zbrojnej. Po przekształceniu ZWZ w Armię Krajową "Alfa" stała się Wydziałem Marynarki Wojennej Komendy Głównej AK o kryptonimie "Ostryga".
Głównym zadaniem Wydziału było prowadzenie wywiadu morskiego, organizowanie kursów z zakresu ratownictwa morskiego, budowy okrętów oraz taktyki walki morskiej i rzecznej. Kursy organizowano w Tajnym Instytucie Morskim, który był częścią Tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich.
Powstanie
Im bliżej wybuchu powstania, tym marynarze "Ostrygi" baczniej przyglądali się niemieckim jednostkom pływającym na środkowej Wiśle. Uwagę polskich dowódców przykuł przede wszystkim kuter patrolowy "Pionier", cumujący w Porcie Czerniakowskim. W niektórych opracowaniach błędnie jest podawana nazwa "Puma". "Pumą" został nazwany KU-6, który służył w Płocku, a do Warszawy trafił we wrześniu 1944, stąd zapewne biorą się te pomyłki.
"Pionier" był to wydobyty przez Niemców z dna Wisły samozatopiony we wrześniu 1939 roku polski CKU "Nieuchwytny", należący do Oddziału Wydzielonego Rzeki Wisły. Po gruntownym wyremontowaniu, Niemcy wcielili ten kuter do jednostek inżynieryjno-saperskich Wehrmachtu. Zmieniono mu artylerię główną na 2-4 działka 37 mm i ustawiono sprzężony poczwórnie ckm. Ponadto wymieniono benzynowe silniki napędowe Beardmore'a po 225 KM na dwa diesle MAN, po 180 KM, skutkiem czego jego maksymalna prędkość spadła z 24 do 21,5 km/godz.
Załoga liczyła 12 ludzi, a oficerem mechanikiem został uważany za volksdeutscha Paweł Kalus (w niektórych źródłach błędnie podawane jest nazwisko Jan Kalus), dawny bosman Marynarki Wojennej i członek załogi "Nieuchwytnego".
Zadanie zdobycia kutra otrzymał oddział "Szczupak" dowodzony przez kmdr. ppor. Władysława Maciocha, ps. "Mizio. "Szczupak" był częścią większego zgrupowania, które miało zająć portowe nabrzeża i środki przeprawowe, po czym miało uruchomić i zabezpieczyć przeprawy przez Wisłę.
Jedną z kluczowych ról w przejęciu okrętu miał ponoć odegrać bosman Kalus, którego AK przekonało do przeprowadzenia sabotażu na pokładzie patrolowca. Niestety, nie wiadomo, czy mu przeszkodzono, czy uprzedził on Niemców o ataku, gdyż - jak się okazało - tuż przed planowaną akcją "Pionier", eskortując statek "Halka" (niektóre źródła błędnie podają, że eskortował "Bajkę"), opuścił port.
Wczesnym popołudniem 1 sierpnia kmdr. ppor. Macioch zgromadził w budynku Zarządu Dróg Wodnych oddział liczący 50 marynarzy. Tymczasem 30 minut przed godziną "W" Niemcy ogłosili alarm i "Pionier" wraz z "Halką" wyszli z portu. Okręty popłynęły na Żoliborz, gdzie tuż po wybuchu powstania, naprzeciwko wylotu ul. Krasińskiego, zatopiono "Halkę".
Na akwenie warszawskiego węzła wodnego zostały po wybuchu powstania warszawskiego zatopione przez własne załogi statki pasażerskie "Żeromski", "Krakus", "Stanisław", "Belgia" i "Warneńczyk"
Pod naporem znacznych sił niemieckich żołnierze "Szczupaka" musieli wycofać się na Siekierki. Jednak nocą zepchnęli Niemców do obrony i przejęli stojące w porcie: "Bajkę", "Fausta" i pogłębiarkę "Smok" oraz kilka łodzi.
Mała flotylla
Plany użycia zdobytego taboru, wobec upadku powstania na Pradze, szybko spaliły na panewce. Statek pasażerski "Faust" rozpoczął służbę jako przystań rozładunkowa i krypa koszarowa, a "Bajka" jako statek szpitalny. Wcześniej przydzielone oddziałowi "Szczupak" zadanie stało się nieaktualne - marynarze prowadzili jedynie nocne patrole na łodziach wiosłowych, wdając się w potyczki z niemieckimi patrolami. W dzień nie podejmowano działań. Dziwić może fakt, że nie podjęto próby uzbrojenia jednego ze statków, który mógłby zabezpieczać od strony rzeki jednostki walczące na lewym brzegu rzeki.
Taka patowa sytuacja na Wiśle trwała do 6 sierpnia, kiedy "Pionier" rozpoczął regularne ostrzeliwanie polskich oddziałów na terenie Starego Miasta, a później Powiśla (13 i 19 sierpnia).
Najbardziej tragiczny dla powstańczej improwizowanej flotylli rzecznej był 12 sierpnia, kiedy Niemcy ogniem z działa i karabinów maszynowych ustawionych na moście Poniatowskiego oraz przy pomocy przybyłego "Pioniera" zatopili "Fausta", a "Bajka" i "Smok" zostały ciężko uszkodzone (pojawiają się też głosy, że zostały zatopione, jednak wobec późniejszych wydarzeń i wspomnień uczestników powstania wydają się one nieprawdziwe).
Po zajęciu Pragi przez Armię Czerwoną "Pionier" został wycofany w dół Wisły, do Płocka. Jego ostatnią akcją w Warszawie był ostrzał Czerniakowa i portu. Dokonał tego 12 września. Wcześniej, po wyeliminowaniu polskich patroli na Wiśle, eskortował przez dwie kolejne noce, 27-29 sierpnia, przeprawy czołgów na lewy brzeg rzeki.
Ostatnie walki
Walki o port rzeczny i stocznię trwały do 14 września. Terenu bronił oddział złożony z pracowników portowych i marynarzy "Szczupaka", wspartych żołnierzami oddziału "Tur". Tego dnia Niemcy wyparli powstańców i zajęli na wpół zatopioną "Bajkę" i nienaruszone urządzenia portowe, które natychmiast zaczęto niszczyć.
Polacy zajęli na krótko port w nocy z 14 na 15 września, kiedy kompania batalionu "Zośka" pod dowództwem por. Andrzeja Romockiego ps. "Morro" obsadziła pod silnym ogniem brzeg Wisły i "Bajkę". Później teren ten został zajęty przez żołnierzy 1. Dywizji Piechoty. Na tym skończyły się zmagania na Wiśle w czasie powstania warszawskiego.
Odcinek rzeki - od Płocka na północy, do Warszawy na południu - został odcięty przez okręty rzeczne radzieckiej Flotylli Dnieprzańskiej, którą przerzucono w ten rejon po zakończeniu operacji na rzekach Polesia. Górny bieg Wisły był nieżeglowny z powodu licznych płycizn.
Walki powstańcze toczyły się od tej chwili już tylko na lądzie.
